Обителта е основана от грузински благородници
Бачковският манастир „Света Богородица“ е един от най-старите в България. Преди него са основани само Рилският и Зографският манастири. Вярващите го наричат светинята на Родопите, тъй като той е не само най-голямата обител в този край, но и място, на което молитвата, отправена с вяра, се изпълнява от Бога и Пресветата Богородица. Обителта е съхранила елементи на старогрузинската, византийската и българската култура и духовност, защото е основана от грузинските благородници Григорий Бакуриани и неговият брат Абазий. Това е станало през 1083 година. Самият Григорий заемал висока военна длъжност при византийския император Алексий Комнин (1081-1118). Затова архитектурата на обителта е смесица от старогрузински стил и предпалеологов ренесанс. По онова време земите на днешна Южна България са били в грениците на Византия. В библиотеката на обителта се пази изключително ценен ръкопис на старинни грузински църковни напеви, какъвто другаде на Балканския полуостров няма.
Към края на XI в. в манастира е имало книжовна школа, известна в изворите като Петрицонска — название, произхождащо от първоначалното име на съседната крепост Петрич. В нея монаси-книжовници са превеждали книги от гръцки на грузински и от грузински на гръцки.
Манастирът е запазил икона, подарена в 1311 г. от грузинците Атанасий и Окропир.
В края на ХIV век, след завземането на Търново, в Бачковския манастир е заточен последния български патриарх от времето на Второто българско царство – Евтимий Търновски. Предполага се, че той е починал тук на 4 април 1404 г. и е бил погребан в обителта. В манастира е гробът на българския екзарх Стефан.
